Prácticamente desaparecido el ferrocarril del panorama local, este extinguido «factor de progreso» ya forma parte de la historia del pueblo. En el año 1886 empezó a construirse la línea «Deán Funes a Chumbicha», tal como se llamaba oficialmente entonces. En el año 1890 quedó oficialmente inaugurado el recorrido hasta Paso Viejo, recibiendo Cruz del Eje, alborozado, el paso triunfal del tren, iniciándose una inolvidable y nostálgica etapa de progreso social y económico. En el año 1891 se habilita el ramal que partiendo de Córdoba, atraviesa las sierras de Punilla y llegan hasta Cruz del Eje Sud, luego bautizado «Toco-Toco». Y en el año 1909 se unen las dos líneas ferroviarias. Era tal la importancia que había adquirido este sector sud con la llegada de la línea férrea, que muy cercana a la estación apareció el primer hotel moderno de esta esta ciudad, «Hotel Larcher» regenteado por esta tradicional familia. Cuando se produjo la señalada unión de las dos líneas, el sector norte opacó al sud, y este establecimiento desapareció. Pero aún puede observarse el viejo edificio en buen estado de conservación. Los famosos talleres, de los más importantes, entonces del país, fueron construidos en el año 1890 (anteriormente funcionaban en Tuclame) a lo largo de la calle Comercio, actualmente San Martín. Estos talleres se hicieron para la reparación de locomotoras y coches. En 1946 comienzan a construirse en el barrio de la Banda Poniente hoy Barrio Pte. Juan Domingo Perón en terrenos donados por la familia Armesto. Estos talleres poseían también una moderna Usina Eléctrica de 1275Kw de potencia. Poco duró esta iniciativa y finalmente se paralizó la obra, solo se terminó la Usina. En 1962 se intentó privatizar el predio pero a causa de una huelga ferroviaria que duró 45 días la gestión fracasó. Los talleres ferroviarios fueron clausurados definitivamente en 1977 y demolidos posteriormente a fines de la década del ochenta al final de la presidencia de Raúl Alfonsín.
Durante la década de 1970 todavía era un importante nudo ferroviario con grandes talleres hasta que el servicio de ferrocarril de Córdoba- Cruz del Eje fue cerrado. El recorrido, desde la década de 1990 bajo el nombre de Tren de las Sierras está siendo renovada (el servicio es rehabilitado por etapas, a medida que se reparen las vías y se incorpore nuevo material rodante comprado recientemente en Portugal.
Cruz del Eje 